Bugünkü Türkiye Türkçesinde bulunan “c, f, ğ, h, j, v” sesleri Göktürkçede olmadığı hâlde; ölçünlü Türkiye Türkçesinde bulunmayıp farklı Türk lehçelerinde yaşayan “ŋ” ve “ń” sesleri Göktürkçede bulunmaktadır.

Göktürkçedeki ünlülerin tamamı, bir sözcüğün her yerinde bulunabili. Ünsüzlerin tamamı sözcüklerin içinde ve sonunda bulunabiliyorken; sözcük başında yalnızca belirli ünsüzler bulunabilmektedir. “b, ç, k, o, s, t, y” sesleri, “biş, çabış, kişi, kaġan, sıgıt, taş ve yagız” örneklerinde görüldüğü üzere sözcük başında kullanılabilmektedir. Bu ünsüzlerin dışında kalan “d, g, ġ, l, m, n, ŋ, ń, p, r, ş, z” ünsüzleri, birkaç istisna dışında sözcük başında bulunmamaktadır.

Köktürkçenin genel ses özelliklerini maddeler hâlinde şöyle sıralayabiliriz:

1. Aslî uzunluklar korunur: āç, āt (ad), būka (boğa), tām (duvar) Göktürk yazısında bu uzunlukları gösteren kesin bir yazım kuralı bulunmamaktadır. Fakat genellikle sözcük başında kullanılmayan bazı seslerin, özellikle belirtildiği sözcüklerde uzun ünlü olduğu anlaşılmaktadır.

2. Sözcük başındaki “k”ler korunur: “keç-” (geçmek), “kel-” (gelmek), “köl” (göl), “küç” (güç)

3. Sözcük başındaki “t”ler korunur: “tag” (dağ), “temir” (demir), “tod-” (doymak), “tört” (dört)

4. Sözcük içi ve sonundaki “b”ler korunur: “eb” (ev), “ebir-” (evirmek), “kabış-” (kavuşmak)

5. Bütün “ç”ler korunur: “çabış” (çavuş), “bunça” (bunca), “oçak” (ocak), “uçuz” (ucuz)

6. Hece ve sözcük sonlarındaki “g” ve “ġ”lar korunur: “ag-” (ağmak), “beg” (bey), “oġlan” (oğlan)

7. İkinci ve daha sonraki hecelerin başındaki “g” ve “ġ”lar korunur: “edgü” (iyi), “kazgan-” (kazanmak), “tabışgan” (tavşan)

8. Bütün “d”ler korunur: “adak” (ayak), “adgır” (aygır), “adrıl-” (ayrılmak), “bod” (boy)

9. İlk hecedeki “i”ler korunur: “bir-” (vermek), “biş” (beş), “it-” (etmek), “yir” (yer) Bugün Türkiye Türkçesinde “e” olan bazı ilk hece “i”lerinin, Köktürkçede “i” değil “ė” (kapalı e) olduğu da
düşünülmektedir.

10. Türkiye Türkçesinde “v” ile başlayan üç sözcük, Köktürkçede “b” ile başlar: “bar” (var), “bar-” (varmak), “bir-” (vermek)

11. “Bol-” (olmak) fiilinde “b” sesi korunmaktadır.

12. Göktürkçede büyük ünlü uyumuna büyük ölçüde uyulmaktadır: “bedizet-” (süsletmek), “başlıgıg” (başlıyı), “süŋüglüg” (mızraklı), “balıkdakı” (şehirdeki), “yorıyur” (yürür)

13. Göktürkçede küçük ünlü uyumu çok güçlü değildir. “altun” (altın), “eçü” (ata) gibi sözcükler, kurala uymazlar. Bazı yardımcı ünlüler ve eklerdeki ünlüler düzlük – yuvarlaklık uyumuna uyar:
“bigil-i-m” (aklım), “köz-ü-m” (gözüm), “baş-lıg” (başlı), “ölür-tüm” (öldürdüm)